Para añadir jQuery a en el Frontend Magento debemos modificar el archivo:

app/design/frontend/default/default/layout/page.xml

o si lo queremos hacer en la plantilla activa:

app/design/frontend/.../.../layout/page.xml

Añadiendo la siguiente línea (sustituir las “x” por la version que queramos porner. ej.: jquery.min-1.10.2.js):

<action method="addJs"><script>jquery/jquery.min-x.x.x.js</script></action>

Luego subiremos el archivo jquery.min-x.x.x.js dentro de la carpeta /js/ de la raiz de magento. La ruta completa seria:

js/jquery/jquery.min-x.x.x.js