Es un problema de enrutamiento, el componente AceSEF elimina parametros de las Url's y para poder imprimir un articulo es necesario que aprezca este parámetro en la Url.

La única opción que nos queda es modificar el archivo flexicontent.helper.php que se encuentra en components->com_flexicontent->classes

SOLUCIÓN:

Buscar en la linea 113 aproximadamente:

$output    = '<a href="'. JRoute::_($print_link) .'" class="editlinktip hasTip" onclick="window.open(this.href,\'win2\',\''.$status.'\'); return false;" title="'.$text.'::'.$overlib.'">'.$image.'</a>';

Y sustituir por:

$parametro = '&option=com_flexicontent';
$output    = '<a href="'. JRoute::_($print_link) . $parametro .'" class="editlinktip hasTip" onclick="window.open(this.href,\'win2\',\''.$status.'\'); return false;" title="'.$text.'::'.$overlib.'">'.$image.'</a>';

Lo que hemos hecho es añadir manualmente el parametro:

option=com_flexicontent

para que la función de imprimir funcione correctamente.